Il Museo Civico di Nepi è sito all’interno del Palazzo Comunale, splendido edificio rinascimentale realizzato su progetto di Antonio da Sangallo il Giovane.
Nel 1992, la Soprintendenza Archeologica per l’Etruria Meridionale, in collaborazione con il Comune di Nepi, realizzò la mostra “le necropoli di Nepi”. L’esposizione fu allestita all’interno della sala nobile del Palazzo Comunale. Al termine della mostra parte dei materiali ritornarono nei magazzini statali, mentre altri, di proprietà comunale, andarono a costituire il primo allestimento del museo civico. Dal  1995 la struttura è aperta regolarmente al pubblico.
All’inizio del 1998 l’esposizione fu trasferita nei locali seminterrati del Palazzo Comunale; ciò comportò anche una revisione dell’allestimento, arricchito nel corso del tempo da reperti ricomposti attraverso un accurato lavoro di restauro. 
Attualmente è possibile visitare solo due sale, ma è in fase di realizzazione una nuova struttura museale che permetterà una più ampia esposizione dei materiali che coprono un arco cronologico che va dal VII° secolo a.C. sino all’età rinascimentale.